La Connaissance du vent, qui peut se définir comme une « fable spirituelle », raconte l'histoire de Hannes, jeune restaurateur d'art néerlandais élevé dans les rigueurs moroses du fondamentalisme calviniste, qui a perdu la foi à l'adolescence et sombré dans la débauche et dans les addictions ― au sexe, à l’alcool, à certaines drogues ―, ce qui le remplit d'une honte morbide (d'autant plus qu'il est gay, ce qui est encore loin d'aller de soi en 1981, année où se situe le récit, a fortiori quand on a reçu son éducation) sans qu'il trouve le ressort pour amender sa vie. Ce solitaire angoissé est aussi hanté par la « disparition » de Kobie, son seul ami et confident, un peintre plus drogué que lui et attiré par le masochisme, sans qu’on sache avant la fin du livre ce qu’il a pu devenir.
Pour fuir et se fuir lui-même, Hannes s’en va restaurer un retable baroque dans une abbaye voisine d’une bourgade perdue des Marches italiennes, qui se révèle un lieu à la fois beau et sinistre, car les habitants semblent endeuillés et hostiles, peut-être parce que la petite cité a autrefois été martyrisée par des mercenaires ottomans. Bien accueilli par les moines, un même amour de la musique ― qui joue dans l’histoire un rôle essentiel, de même que la poésie et la nature ― le rapproche de Guido, jeune novice souriant, érudit et d’une étonnante sagesse. Malgré les résistances de Hannes, Guido lui révèle peu à peu un Dieu tout différent de celui auquel il a jadis tourné le dos : doux, juvénile et miséricordieux. Le Dieu sans colère de Thérèse d’Ávila et de la mystique Hetty Hillesum, qui n’a rien contre les gays ni contre le langage des sens. Mais Hannes freine des quatre fers et en veut même à Guido ― dont la santé ne cesse de se dégrader ― pour son optimisme et sa sérénité. Il a aussi parlé avec Bertille, artiste installée dans la région, qui proclame sa haine de la foi et de ses serviteurs. Pourtant, des signes se manifestent : une étrange petite brise caressante du crépuscule, qui semble contenir une présence, et aussi les apparitions fugaces et parfois rêvées d’un étrange personnage de jeune Oriental, peut-être un fantôme surgi d’une légende locale, peut-être un messager du divin, qui semble lui tendre la main.
Un soir, en un lieu désert où il s’est laissé guider par l’ombre de l’Oriental, Dieu fait irruption dans la vie de Hannes. Cette expérience de metánoia fait dans l’instant de lui un tout autre homme. Mais la révélation a un prix : le même soir, Guido est mort et Hannes comprend confusément que, selon le mystère de la communion des saints, le novice est mort pour lui. Hannes a cependant découvert une paix, une harmonie intérieures qui lui permettent de poser sur sa vie un nouveau regard et d’habiter poétiquement et spirituellement le monde.
Mais nous sommes en 1981, et la menace du sida vient d’apparaître… Pourtant, à la fin du livre, la paix de Dieu aura le dernier mot.